Првата фабрика за биодизел гориво во Република Македонија е отворена во 2007 година. Рафинеријата е во сопственост на приватната компанија Макпетрол и е со капацитет од 30 илјади тони годишно. За производство на биодизел горивото се користи нерафинирано масло од семе од маслодајна репка. Во оваа фаза нерафинираното масло се набавува од увоз.
Најавени се уште две нови фабрики за производство на биодизел гориво во Република Македонија, од кои таа на „Благој Ѓорев“ во Велес ќе врши екстракција на масло од сончоглед, репа и соја, а се планира да има вкупен капацитет на сировинска обработка од 20000 тони годишно и да произведува 13000 тони биодизел гориво. Потрошувачката на биогорива до 2020 година е планирана на ниво од 10% од потрошувачката во сообраќајот 32, односно околу 48 – 56 ktoe/годишно што е на ниво на планираните капацитети за производство.
Овие количини на биогориво би замениле соодветни количини на потрошувачката на дизел и бензински горива во сообраќајот. Тука треба да се напомене дека во Европската Унија, индустрискиот комитет на Европскиот Парламент по разгледувањето на одредницата за застапеноста на биогоривата позитивно ја оценил обврзувачката цел за нивна застапеност од 10% во вкупната потрошувачка на бензин и дизел до 2020 година, но предложил ограничување на делот од биогорива произведен од зрна со што би се намалила конкуренцијата на производство на храна.
Предложено е да од вкупната обврска само 60% да биде гориво произведено од прехрамбени суровини додека останатите 40% да биде биогориво од друга генерација или електрична енергија и водород ако се произведени од обновливи извори на енергија. Во Директивата 2009/28/ЕС не е внесена ваква обврска меѓутоа, се нагласува дека Заедницата ќе превзема соодветни мерки за промовирање на критериумите на одрживост при производството на биомаса за биогорива како и мерки за развој на втората и на третата генерација на биогорива.
Производството на биомаса за биогорива ќе се поддржува во смисол на зголемување на севкупното земјоделско производство и користење на деградирани земјишта. Понатака, ќе се стимулира производство на биогорива од отпад, остатоци, нехранливи целулозни материјали и сл. Под биогорива од друга генерација се подразбираат тие што се добиени од земјоделски отпад, остатоци на земјоделското производство, непрехрамбени целулозни материјали и лигноцелулозни материјали.
И покрај тоа што технологиите за добивање на биогориво од втора генерација се во развој (на висок степен од развој), треба и во Република Македонија да се создадат услови за нивна поскора примена. Имено, од вкупната биомаса која што се создава на земјоделските полиња, 40% мора да се врати во почвата, 30% се користи за исхрана на животните или на фармите, а преостанатите 30% може да се користат за производство на биогорива.
Извор: Стратегија за искористувањето на обновливите извори на енергија во Република Македонија до 2020 година, издадено од страна на Министерството за економија 2010 година.